Fuera de la región andinopatagónica casi la totalidad de los ríos son alóctonos, es decir que no reciben afluentes, de régimen pluvio invernal (provocada por las lluvias) y nival (provocada por el derretimiento de las nieves).Además de los bellos lagos glaciares existentes en el sector andinopatagónico, existen en medio de las secas altiplanicies patagónicas agos y muchas lagunas, la mayoría de ellas saladas, estos espejos de agua a lo largo de todo el s XX se han encontrado bajo un proceso de desecación transformándose en varios casos en "salinas" o salares, los dos principales lagos naturales de la Patagonia oriental extraandina se encuentran en el centro de la provincia de Chubut, son el lago Musters y el Colhué Huapi, ambos pertenecientes a la fase terminal de la actual cuenca endorreica del Río Senguerr, la cual hasta hace unos setenta años desagotaba intermitentemente por medio del Río Chico en su emisario principal, el Río Chubut. En la antigua confluencia de estos dos ríos se encuentra la represa que forma al lago artificial o embalse Florentino Ameghino; abundan en la Patagonia extraandina paleocauces llamados "cañadones" ocasionalmente reactivados en especial durante el deshielo de primavera, la existencia de tales paleocauces ha dado lugar a ciertas curiosidades cartográficas, por ejemplo en cierto modo gran parte de la Patagonia austral es una gigantesca isla ya que el lago Buenos Aires tiene dos emisarios: actualmente el principal, muy caudaloso y de escaso curso desagua en el Océano Pacífico, el otro emisario, de extenso curso pero escaso caudal, es el río Deseado que desagua en el Océano Atlántico, en mapas existentes hasta la primera mitad de s XX al sur del río Deseado y casi paralelos, aparecían dos ríos: el Bajos (o San Dionisio o Chacarmañac) y el Salado, desde mediados de s XX de ellos sólo restan sus valles y "cañadones". En las costas hay acantilados originados por movimientos de ascenso y descenso de la corteza terrestre, llegando a superar los 300 metros de altura.